2006年度までの研究分野毎の研究体制（4つのプロジェクト制）を改め、具体的な研究フィールド毎に研究成果を結集・融合させた新たな研究体制に改組。

１．総括・戦略プロジェクト　[情報履歴]
研究総体の目指すべき方向を探り、5研究プロジェクトを適宜統括し進路調整を図ると共に、着実な推進を図るための戦略的シナリオを検討する。
　＜水の空間ビジョン・構築WG＞
　＜地図情報WG＞
　＜水の万博プロジェクト＞

２．都心・ベイエリア再生プロジェクト　[情報履歴]
人口減少化時代を迎え、東京都心部には今後どんな変化がふさわしいのだろうか。高密化へのプレッシャーから解放された中でこそ可能な「失われた水辺や緑、歴史要素の蘇生・再生」を目指した都心の新たな姿を探る。
　＜東京湾・臨海部再生WG＞
　＜内部河川再生WG＞
　＜外濠再生WG＞

３．流域圏再生プロジェクト　[情報履歴]
水域の一部分をなす既成市街地内の水辺は、水系を通じて郊外地域〜源流域、あるいは農山漁村と結びつき相互作用の関係にある。本プロジェクトは、その代表例として「日野の用水路再生WG」「武蔵野台地WG」「四万十川流域・幡多黒潮圏再生WG」で構成。
　＜日野用水路再生WG＞
　＜武蔵野台地WG＞
　＜四万十川流域・幡多黒潮圏再生WG＞

４．港町再生プロジェクト　[情報履歴]
日本には舟運を主な交通手段として発展し、現在もその姿を留めている港町が数多く残されている。その一つである神奈川県真鶴町を中心に港町の現代的価値を導き出し、その再生への実践的提案を行う。

５．海外研究プロジェクト　[情報履歴]
欧米やアジアの水辺都市について、近年のその再生の展開過程を空間論及び社会論的に認識・把握しながら、都市再生のための方法論を拡大・精緻化し、現代都市の創造に向けての歴史的な諸課題や論点を抽出する。

2011年度の研究体制

2010年度の研究体制

2009年度の研究体制

2008年度の研究体制

2006年度までの研究分野毎の研究体制